用聚丙烯酰胺為支持基質的電泳程序。一般說來，實現聚丙烯酰胺凝膠電泳有兩種類型。
⑴單向電泳：采用完整的蛋白質或用十二烷基硫酸鈉(SDS）處理的蛋白質的單向泳動，在有凝膠的平板上平行分離（過去也有用在玻管中的圓筒形棒狀凝膠進行電泳的，現已很少有人使用）。
⑵雙向電泳：首先用天然蛋白質進行分離，然后凝膠平板再用SDS處理，樣品便在第二向得到分離。第一次分離了各種各樣的蛋白質，因此第二向分離的是蛋白質亞基。
主要優(yōu)點是：
⑴合成聚合物，故重復性良好；
⑵分離能力好；
⑶通過增減丙烯酰胺單體和交聯劑（N,N′-亞甲基雙丙烯酰胺）的濃度，可以調節(jié)凝膠的孔徑大小；
⑷操作簡便、時間短；
⑸化學性質穩(wěn)定、機械性能好，柔軟；
⑹在酸性或堿性緩沖液中均可進行電泳，而且可加入兩性電解質進行等電點電泳，可用含電解質表面活性劑（SDS）或非電解質表面活性劑（Np40、Tritonx-100等）的凝膠進行電泳，亦可使兩者組合進行雙向電泳等等，使用范圍廣泛，利用價值日益提高；
⑺由于染色技術的進步，可以進行定量，也可檢測出極微量的斑點（瓊脂糖電泳）。
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